Após o Fim da Umbrella, ocorrido em 2003, vírus e pesquisas de armas biológicas da corporação farmacêutica caem no mercado negro e uma nova era do bioterrorismo ascende. Armas biológicas superiores, mais perigosas, começam a demonstrar o verdadeiro horror pelo mundo. O bioterrorismo se torna um problema mais comum, algo que se prova mais econômico do que gastar em guerras ou atentados usando soldados e armas de fogo ou nucleares. Assim, cria-se a BSAA (Bioterrorism Security Assessment Aliance - Aliança de Avaliação de Segurança de Bioterrorismo).
No ano de 2004, a cidade revolucionário ao meio do Mar Mediterrâneo, Terragrigia, sofre um ataque bioterrorista vindo da organização criminosa Veltro. O grupo em questão era contra a construção da cidade que era alimentada a partir de energia solar vinda da reflexão de raios ultravioletas do satélite Regia Solis que batiam em paineis solares diversos pela metrópole. O ataque é protagonizado por armas biológicas provenientes do T-Abyss Vírus, uma fusão do T-Vírus com outro encontrado em um peixe e foi nomeado como "The Abyss Virus".
Ao meio do caos de Terragrigia, a FBC (Comissão Federal contra o Bioterrorismo) coloca todas as suas forças nas ruas e prédios da cidade. Parker Luciani e Jessica Sherawat tentam amenizar a situação e se deparam com o novato Raymond Vester ferido. A dupla ajuda o novato a se deslocar até uma sala de reunião onde Raymond ouve um pouco da misteriosa conversa entre o diretor da FBC, Morgan Lansdale e o diretor da BSAA, Clive R. O'Brian. Parker e Jessica são dispensados e devem sair da cidade o mais rápido possível. Morgan, como decisão final ao caos de Terragrigia, ordena que a cidade seja aniquilada pela reflexão direta e de intensidade máxima de raios ultravioletas usando o Regia Solis. Em alguns minutos, Terragrigia toma o mesmo rumo de Raccoon City e seus destroços são afundados ao meio do mediterrâneo.
Um ano depois, O'Brian ainda suspeita uma conspiração envolvendo Morgan no episódio do ano anterior que ficou conhecido na história como "Pânico de Terragrigia". Ele decide então montar toda uma cilada, sem falar para ninguém, envolvendo seus próprios agentes. Ele designa Chris Redfield e Jessica Sherawat para irem a uma região montanhosa procurar vestígios sobre a Veltro. Feito isso, causa distrações para o resto da organização e então, começa a colocar em rumo seu plano. Ele faz com que o sinal com Chris e Jessica seja perdido ao meio do Mar Mediterrâneo, apontando justamente para as coordenadas do Navio fantasma, Queen Zenobia. Ao ditar a perda de contato com os agentes, preocupa Jill Valentine, a clássica e maior parceira de Chris, junto a Parker Luciani, velho parceiro de Jessica.
Jill e Parker rapidamente se arrumam rapidamente e partem para a nova missão. Quando chegam ao Queen Zenobia, começam a investigar o local e se deparam com armas biológicas nuca vistas até antes. Ao combaterem os primeiros monstros, encontram Chris Redfield em uma sala. O homem está com o corpo todo, do tronco aos pés, amarrado em uma cadeira, sem sinais de ferimentos, mas inconsciente.
O desespero de Jill faz com que ela corra a procura da chave e no caminho encontre Rachael Foley morrendo, uma agente da FBC. Ao encontrar a chave, ela vai correndo ao encontro com o velho parceiro, mas ao chegar até ele, percebe que era apenas um boneco baseado na aparência de Chris. Ao perceberem que era uma armadilha, um gás começa a ser liberado na sala e a dupla acaba desmaiando.
Jill e Parker acordam em quartos separados. Sem machucados e em ótimo estado, só que sem armas e com portas dos quartos trancadas. Os dois conseguem abrir as portas arrumando circuitos elétricos que liberam o caminho. Ao se encontrarem e recuperarem suas armas, os dois vão a caminho da Ponte do Navio. Chegando lá, veem que o sistema de comunicação estava já quebrado. Em questão de segundos, o barco da BSAA de onde vieram é destruido. Ao irem verificar a atividade, Jill é abordada por Raymond, mas em um golpe magnífico de artes marciais, Jill contra-ataca Raymond Vester e então a dupla questiona sua presença no navio e no caso. O ex-agente da FBC responde estar procurando respostas sobre a Veltro. Ele abandona a Ponte e segue seu caminho pelo navio.
Jill e Parker fazem o mesmo. Abandonam a Ponte e procuram uma entrada para uma sala de comunicação do navio. Mas ao notarem que está trancada, saem a procura da chave e encontram junto a um monstro. Ao matá-lo, recuperam a chave e tem acesso a sala de comunicação, mas para variar, o sistema está todo destruido. Nesse mesme momento, encontram Raymond e conferem a um vídeo transmitido em uma das TVs que ao mesmo tempo é transmitido para a BSAA. O vídeo mostra um homem mascarado da Veltro ditando trechos do clássico A Divina Comédia de Dante Alighieri. Logo, o homem infecta um áquario com peixes normais com o T-Abyss e apresenta a mutação dos seres em piranhas. Ele ameaça espalhar o T-Abyss pelos mares do globo e tira a máscara, revelando ser Jack Norman, o líder da Veltro.
Jill e Parker precisam acionar a drenagem da água em certas partes do navio e energia em outras partes. No caminho, Jill e Parker necessitam de uma chave para acionar um elevador e a chave está logo com Rachael Foley, a recém-morta sobrevivente que Jill encontrara no começo da jornada. A mulher se transformou em uma criatura horrenda e complicada de matar. Ao recuperarem a chave, fazem tudo o que queriam fazer e acionam a energia e drenam a água de uns locais. Eles se direcionam então a antena do navio para tentar comunicar a BSAA sobre os ocorridos.
Enquanto isso, Chris e Jessica já saberiam que Jill e Parker cairam em uma armadilha e procuram por todo o Mar Mediterrâneo um navio. Ao encontrarem o navio, vasculham todo o local, mas não encontram Jill e Parker. Assim, percebem estar no Queen Semiramis, um navio gêmeo ao Zenobia. Novamente, saem em busca de Jill e Parker pelo mar.
Logo, Jill e Parker se comunicam novamente com O'Brian. O diretor da BSAA os informa de que o navio seria destruido em algum tempo pelo Regia Solis. Ele adiciona que um resgate da dupla seria impossível naquele momento. Por sorte, O'Brian enviara dois agentes da BSAA, Keith Lumley e Quint Cetcham para a região montanhosa onde a Veltro tinha um complexo em que Chris e Jessica investigavam anteriormente. Quint consegue acessar o banco de dados do Zenobia e diz que Jill e Parker podem desviar o ataque do Regia Solis com o UAV.
A dupla consegue se salvar e ao fazerem isso, seguem pelo navio e encontram novamente o anônimo mascarado da Veltro. O homem está prestes a revelar verdades sobre a Veltro e o Zenobia, mas antes de falar alguma coisa, é baleado por Jessica que acabara de chegar no local junto a Chris. Parker vai até o homem e desmascara o indivíduo percebendo que é Raymond. O ex-agente da FBC revela ter bancado a Veltro para encontrar a verdade por trás do Pâmico de Terragrigia. Ele sussura algo no ouvido de Parker, dizendo que havia um traidor na BSAA.
Chris se junta a Jill e juntos seguem até o porão e descobrem uma das revelações severas do Zenobia. O navio abrigava um laboratório gigante com pesquisa e kilolitros de amostras do T-Abyss. Em sua investigação pelo laboratório, Jill consegue aplicar em si uma vacina para o T-Abyss, assim podendo entrar em contato com a água infectada sem preocupação. Ela também descobre que Morgan Lansdale, o diretor da FBC, fez negociações secretas com a Veltro para atacar Terragrigia. Chris e Jill são surpreendidos pelo diretor que se comunica por uma TV no laboratório. Ele libera diversos monstros no laboratório para acabar com a dupla. Mas nada para Chris e Jill, logo a dupla que destruiu a Umbrella. Os dois acabam com a raça de todo monstro que aparece.
A dupla aciona uma esterelização do vírus e todo o laboratório perde suas amostras. Mas de repente, um sistema de autodestruição do navio começa a sua contagem regressiva. Foi acionado por Jessica, a traidora que Raymond falou para Parker. E além de ter acionado o sistema de autodestruição, ela também tenta atirar em Raymond, mas Parker quem sai baleado que se atira na frente do ex-parceiro. Jill e Chris saem as pressas do laboratório e tentam encontrar uma forma de sair do navio e serem resgatados por helicópteros da BSAA. No caminho, encontram Parker e tentam ajudá-lo a sair com vida do navio, mas o parceiro de Jill acaba caindo de uma passarela.
Chris e Jill conseguem chegar até o local de resgate, mas um monstro gigante toma conta do navio sobrando a dupla dinâmica acabar com a criatura. Enquanto isso, Raymond ajuda Parker a sair do navio com vida. No helicóptero, Chris e Jill descobrem que as coordenadas dos navios e a investigação secreta foi uma cilada de O'Brian para pressionar Morgan. Com peso na consciência, ele pede para Chris e Jill encerrarem o caso indo até o Queen Dido e pegarem evidências do envolvimento de Lansdale com a Veltro.
No Queen Dido, além de encontrarem a evidência, se deparam com Jack Norman, o diretor da Veltro, tomado pela raiva de Lansdale e a loucura, preso no navio há meses, ele se infecta com o T-Abyss e vira um monstro incrivelmente capaz de confundir por ilusões ópticas Chris e Jill e traçar ataques aos dois. Mas a dupla mata Norman e leva a evidência que faz Morgan ser preso.
Dias se passam, e misteriosamente, Raymond Vester entrega uma amostra do T-Abyss para Jessica Sherawat que lê A Divina Comédia em um café.
